iOS 9.3最重要的更新就是新增了Night Shift功能，可以讓你的設備根據地理位置和時鐘來判定日出日落時間，進而改變屏幕色溫。之前的iOS設備是不可以調整色溫的，這項功能的本質是增減藍光，如果夜間長時間盯著屏幕有可能導致睡眠出現問題，降低藍光有助于閱讀和夜間使用。
還增加了安全Notes功能，用戶可以將某些筆記隱藏，需要使用Touch ID和密碼才能打開。
支持多用戶模式，可以多人使用一臺iOS設備，主要是針對家庭和學生用戶的（教育）。
另外，蘋果針對CarPlay進行了提升，調整了音樂服務以及新聞服務，健康程序將使用新的控制面板等等。
